在生物医药行业，氮气被广泛用于防止氧化的氮气置换工艺过程中，对于一些易于氧化的药剂的储藏过程中也使用氮气作为一种有效的保护。通常易于氧化的水针（青霉素等）和大输液（如氨基酸等）都需要充氮保护，否则药液在保存期里很容易氧化，即变质。药用制氮机与其他氮气设备不同的是因医药行业国际标准GMP规定，与药品或药液接触的部分均采用不锈钢材质及除菌方面的要求，设备需要采用不锈钢材质，设备氮气出口部位加装除菌过滤器装置，也因制药行业对设备总体要求高，通常会选用更高标准的配置，以满足该行业的特殊要求。